三元母猪的缺点包括：遗传疾病多发、后代难继承优良特性、发情困难、产仔数少、泌乳力差、抗病力低、骨骼发育较差易患肢蹄病、淘汰率高等。
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我们常见的三元商品猪，主要有外三元、内三元，它们是通过不同的父本和母本有选择地进行杂交而来的。其主要的遗传基因选择方向是生长速度和产肉率，而非繁殖性能。例如，“杜长大”三元商品猪是采用三元杂交模式(长白♂+ 大白♀→二元♀+ 杜洛克♂→三元猪)，主要是利用长大二元母猪的繁殖优势与杜洛克公猪的生长优势。杂交后的“杜长大”三元猪的生长速度快、肉质好，颇受市场的欢迎。这里需要引起注意的是，我们一般留作种用的母猪，繁殖性能是需要重点考虑的，而这个三元杂交体系中，高繁殖性能是长大二元母猪，“杜长大”这种三元商品猪只有高生长性能与肉质优势。因此，经过三元杂交的商品猪，尽量作为商品猪出售，不适宜留作种猪。
1、产仔数少
三元杂商品猪，其杂交优势是生长快，长肉多，对繁殖性能没有要求，因此留做母猪用时，产仔数较少，比二元杂低 2~3 头 / 胎，且母猪饲料消耗量较大，经济效益不高。
2、性情不温顺
因有 50%的杜洛克血统，所以母猪体型较大，脾气暴躁，生产小猪之后，不如二元母猪会照顾仔猪吃奶。需要人来进行细致地协助，由于三元杂交母猪的体型硕大，更显得笨拙，在喂奶时，在下方的一排乳头，不容易翻出来让小猪吃，如果强行将母猪赶起来翻个，有一些母猪十分的不配合，还很容易把小猪压在身下压死。特别在夏季，由于天气热，母猪只管自己凉快，在给小猪喂奶时，由于怕热，拒绝小猪靠近吃奶。
3、仔猪成活率低
三元杂交猪主要是长肉，饲料转化率高，所有的营养都用在了生长上，在给怀孕母猪增加饲料期间，母猪的个体增长快，而腹中的小猪却生长较为缓慢，导致产下的小猪数量少，成活率低。
4、配种难
三元杂交母猪的体型过大，在夏季，散热不良，过高的温度导致母猪在发情后多次配不上种。母猪达到性成熟之后，平均为 21 天发情一次，每次发情持续 3~5 天左右，而三元杂交母猪的发情表现不明显，容易错过最佳的配种时期，如果多次配不上种，向后延续时间长，影响了母猪的生产效益。
5、初产母猪断奶后不发情
三元商品母猪若一直使用育肥料到发情，而没有经过专门的后备母猪营养饲养管理，一般初产后很难发情，使用药物治疗无效后也只能淘汰。客观地说，饲喂育肥猪料就能发情的母猪，其实是更具母性特质的母猪。如果养殖户将这样的母猪在体重 50 ～ 60 kg 时挑出来，并开始饲喂后备母猪专用饲料，就可以很好地改善母猪的繁殖性能，延长三元商品母猪的使用年限。
6、初产母猪难产率增加
由于从商品猪中挑选的三元母猪一直按育肥猪去饲养，猪只主要表现出生长速度快、骨盆发育滞后和骨盆口狭窄，容易导致头胎仔猪难产率增加，产活仔数下降。
7、初产母猪流产、产黑胎增加
挑选出的三元商品母猪并未按照后备母猪的留用去防疫，使得母猪更易感染疫病，同时出现流产、黑胎几率大大增加。后备母猪一般要防疫猪瘟、猪伪狂犬病、口蹄疫、乙脑、猪细小病毒病、猪圆环病毒病、胃肠炎等疫苗，并且还要循环打两遍，才能产生有效的保护力。