辣椒无土栽培时，"基本上每次浇水都要施肥"，因为基质保水保肥性不如土壤，需要更频繁地浇水施肥以满足辣椒生长对养分的持续需求。但应注意控制浇水量和肥料浓度，避免损伤根系。
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辣椒也可以用基质栽培，不重茬，产量高。很多农户说，第一次用新方法种植，没有经验，辣椒无土栽培浇水施肥是个难题，和土壤种植时一样吗？种一茬要施几次肥？一亩能用多少斤肥料？
施肥管理是无土栽培中很重要的一部分，影响着产量和品质，和土壤种植时也不一样。关于辣椒施肥的问题，农户也非常关心。
基质栽培辣椒，基本上每次浇水时都要施肥，这是和土壤种植不一样的地方。以前土壤种植辣椒，在栽苗之后，就要分阶段进行施肥，依次用提苗肥，开花坐果肥，膨果肥等等，每一个生长时期用不同的肥料。
但是基质栽培辣椒，不是按这个频次施肥，因为基质的透气性比较好，但是保水保肥性不如土壤。定植后到缓苗期间，不用根部施肥，大概定植四五天后，长出心叶，需要的养分逐渐增多，每次浇水时都要用肥。基质栽培辣椒浇水的次数也是不固定的，有的一天浇三四次，有的三四天浇一次，那么浇几次水就相当于施了几次肥。
比如用牛粪和蚯蚓粪作为基质，种植辣椒要保持湿度在60~80%，基本上每隔两三天浇一次水，也就是说，两三天用一次肥料。到了这一茬辣椒快结束时，可以只浇水，不用肥料，把基质中残留的养分利用起来。和土壤种植相比，虽然浇水施肥次数频繁，但是也不会浪费水肥。因为辣椒的根系浅，浇水时不能大水大肥，每次浇水施肥的量都很少，把基质浇透就停止浇水了，水肥的流失率低。土壤种植每次施肥后浇水量大，会对辣椒根系造成损伤，而且肥料都被冲到地下面，水肥的利用率低。
辣椒基质栽培时，所用的肥料和土壤种植也不一样，要用无土栽培专用的肥料。如果辣椒用平常的水溶肥，生长过程中缺少钙，硼，锌等中微量元素，对产量和品质影响大。比如缺钙肥，容易出现脐腐病，缺硼时，容易落花落果。所以辣椒基质栽培要用无土栽培专用的肥料，一亩地用15公斤或者20公斤肥料，这样也不科学，每次施肥时控制好肥料浓度，检测EC值，这样施肥更精确。
无土栽培辣椒，掌握好水肥的管理，才是种植成功的基础。相比之下，基质栽培辣椒，要比土壤种植时省水省肥，而且还省人工。