水产养殖中水体发黑发臭通常由有机物过多、缺氧、藻类过度繁殖及外部污染引起。蓝藻水华防治可通过换水、增氧、控制投饲施肥、使用生物制剂等方法进行，同时加强清淤，改善水体环境。
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水体水色呈黑色、发臭
水体发黑、发臭表明池中有较多有机质（如残饵、动植物尸体、排泄物、池底腐殖物等）未得到及时转化，沉入池底后进行腐败分解；不仅消耗大量溶氧，并产生大量硫化氢、氨氮、亚硝酸盐等有害物质，致使池塘底泥发黑、发臭，危害水生动物健康，造成动物机体免疫力下降，易被病原微生物侵袭，甚至泛塘。
控制方案：一旦发现水体出现底泥发黑、水发臭，应快速沉降水体有机物（方法同前），更换底层水，同时采用二氧化氯等强氧化剂氧化或杀灭过多的有机物和微生物，并充分增氧；2～3天后用改水剂、底质改良剂及活菌制剂加速池底有机质或腐殖质的转化。最为关键的是要及时通过引入新水新藻，并加施磷肥，及早培育出新的优势藻类。
水色呈黑褐、红棕、浓黄色水
养殖水色呈黑褐、红棕、浓黄色主要是因微囊藻、甲藻、三毛金藻成为水体中的优势种所致。黄色水尤其在pH值下降时易产生；而黑褐色水体多与投喂劣质饲料、残饵过多、水质和底质老化有关。因为许多鞭毛藻能分泌毒素，使水产动物神经受到麻痹，甚至中毒、死亡。
控制方案一：人工打捞。
控制方案二：晴天上午于下风口多次泼洒硫酸铜、硫酸铁合剂杀灭藻类。
控制方案三：有条件养殖户可通过换水，利用潜水泵将集中于下风口的藻类排除，加注相邻鱼池水质较好的水。
控制方案四：施肥，微囊藻、甲藻为优势种的水体多施磷肥少施氮肥，而三毛金藻为优势种水体施硫酸铵为最好。
控制方案五：经常开增氧机，通过曝气散发有毒气体。亦可采用具有增氧漂白作用的增氧剂。
水体蓝绿藻水华
高温季节，随着投饵量的不断增多，残饵、粪便、鱼类自身代谢产物的不断进入使得池塘封闭水体富营养化。尤其在强碱性和高氮低磷的养殖水体，更容易出现蓝绿藻类水华。形成蓝绿藻水华的水体表面往往形成一层绿色的油膜，以云斑状、带状在水面上漂浮，并有难闻的臭味。
养殖户称之为“老绿水”。在生长良好的池塘中浮游植物量一般应在100毫克/升以内，100毫克/升大致是鞭毛藻池水“肥水”和“老水”的分界线。
而蓝藻塘的“肥水”，浮游植物的生物量往往超过200毫克/升。
控制方案一：加大换水量，最好将表层的肥水换掉。
控制方案二：在晴天中午机械增氧。
控制方案三：控制投饲施肥。减少投饲量，尽量不投散料、粉料，避免饱食排泄和饲料散失而肥水。
控制方案四：不或少施氮肥适当施用磷肥，加速喜磷的硅藻类优势种群形成，抑制蓝绿藻的繁殖。
控制方案五：使用螯合铜浓度0.6～1.0克/立方米，以改进传统使用硫酸铜杀藻的办法；使用0.7×10-6双硫合剂在晴天上午于下风口泼洒，以防因浮游植物缺氧死亡而坏水。
来源：水产研究社