蛋鸭掉毛的原因包括：管理不当如喂料不足、缺水、应激；健康问题如中毒性疾病、外寄生虫、啄羽癖、营养吸收障碍；环境因素如湿度过低、霉菌因素超标等。此外，产蛋高峰期后雌激素水平下降也会导致局部换羽。
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鸭羽毛脱掉是典型的营养代谢病，营养代谢病的一般原因是：
1． 营养物质摄人不足或过剩 草料短缺、单纯、质地不良，饲养不当等均可造成营养物质缺乏。为提高畜禽生产性能，盲目采用高营养饲喂，常导致营养过剩，如干乳期饲以高能饲料，乳牛过于肥胖；日粮中动物性饲料过多，引发禽痛风；碘过多，致发甲状腺肿；高钙日粮，造成锌相对缺乏等。
2． 营养物质吸收不良见于两种情况，一是消化吸收障碍，如慢性胃肠疾病、肝脏疾病及胰腺疾病；二是饲料中存在干扰营养物质吸收的因素，如磷、植酸过多降低钙的吸收，钙过多干扰碘、锌等元素的吸收。
3． 营养物质需要量增加 妊娠（尤其双胎、多胎妊娠）、泌乳、产卵及生长发育旺期，对各种营养物质的需要量增加；慢性寄生虫病、慢性化脓性疾病、马传染性贫血、鼻疽、家畜家禽结核等慢性疾病对营养物质的消耗增多。
4． 参与代谢的酶缺乏 一类是获得性缺乏，见于重金属中毒、氢氰酸中毒、有机磷中毒及一些有毒植物中毒；另一类是先天性酶缺乏，见于遗传性代谢病。
5． 内分泌机能异常 如锌缺乏时血浆胰岛素和生长激素含量下降。纤维性骨营养不良继发甲状旁腺机能亢进等。
蛋鸭掉毛的主要原因源于含硫氨基酸的不足，含硫氨基酸包括蛋氨酸、胱氨酸和半胱氨酸，特别是蛋氨酸是产蛋鸭的第一限制氨基酸，就像木桶一样，只要有一片竹坯短了，就装不满水，18种氨基酸，只要有一种缺乏鸭蛋的蛋白就形成不了，而蛋氨酸是饲料中容易缺乏，同时蛋清中含量比较高的氨基酸。
饲料中如果缺乏蛋氨酸，动物为了繁衍后代，优先产蛋，就会动用羽毛中的含硫氨基酸，继而就会导致羽毛折断、脱掉或无光泽等等。
当然整体蛋白质缺乏也是诱因，人们饲喂蛋鸭是经常有这种认识，鸭比较泼皮，可以饲喂次品东西，比如玉米，猪吃去皮玉米，剩下的高含量黄曲霉毒素的玉米皮，高温挤压全部用到鸭料上，这是不公平的思维，其实鸭的黄曲霉毒素中毒的病比起猪、牛羊更多，更敏感。
解决问题的方法：维益肽+益肝宁长期拌料，1公斤/吨饲料，饮乐宝1公斤/吨水长期使用，这个问题会很快解决的。