90年代稻田养鱼受欢迎，但因对水质要求高、需改造农田、产量低且易受天气影响，同时操作复杂、成本增加，农民收益难以保障，因此现在不再像过去那样普及。
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在南方的水资源比较丰富，并且因为四季很分明，所以主要是以种植水稻为主，并且不少地区一直都是种植两季水稻，而现在这个时候就正是南方的“双抢”时节，既要抢收早稻，又要抢着插晚稻秧苗。时间紧，劳动量大，而且天气还经常下雨，所以农民是相当累的。
也是因为这个原因，当时在湖南、贵州、浙江、四川、湖北等南方地区都流行起稻田养鱼，这在90年代可是非常火的一种模式。不过在近些年，水稻田里养鱼的很少了，仅有少数偏远山区的农民还在坚持水稻田养鱼，为何之前很流行的稻田养鱼，现在不火了呢？
首先，稻田养鱼看似简单，其实很复杂。稻田养鱼并不只是把鱼苗放在水稻田里这么简单，甚至要比单独种植水稻和单独养鱼复杂得多。比如稻田养鱼，就得挖沟。而挖沟也是要讲究方法的，沟浅了就存不到水，而沟深了也不好。多数的农民有种水稻的经验，也有人有养鱼的经验，但是却没有稻田养鱼的技术。所以尝试以后，以失败告终以后，也就不愿意继续尝试了。
其次，稻田养鱼难以实现水稻和鱼双丰收。多数的农民都是尝试之后，发现不仅水稻产量没有理想中的提高，就连鱼的产量也不高，但是平时投入的时间和精力却更多了，感觉投入并没有得到相应的回报，因此不愿意在稻田养鱼了。比如在水稻田养鱼，打农药就是一个大问题。水稻田不打农药是不行的。可是打了农药，如果控制不好量，或者是方法不当，那鱼就可能全军覆没。
再次是受到了场地限制。在稻田里养鱼，那肯定就不能缺水。这样就注定了，水稻田是要选择在靠近水源的地方，不然如果出现了干旱，那养的鱼就会因为缺水而死亡。而选择在水源地也有一个缺点，就是担心出现洪涝灾害，但是在近些年多地就常出现干旱，或者是多雨造成洪水，无论哪一种都会影响到农民的利益。无法满足条件，或者是担心有损失，农民就不想折腾了。
最后，过去很多人尝试稻田养鱼，那是因为当时在农村的土地资源有限，要想多挣钱，就要想办法。毕竟当时农民的收入有限，也没啥挣钱的方法，平时是能省则省，所以想着自己养鱼来补贴家用。而现在很多的人外出打工了，农村的大量土地闲置了。并且更多的人认为出去打工，要比在农村养鱼，或者是种植水稻挣钱，因此也就很少有人尝试稻田养鱼了。