养殖合作社申请流程主要包括：
1. 提交设立登记申请书等材料至工商行政管理局。
2. 公安局制定刻章，提交合作社法人营业执照复印件等。
3. 质量技术监督局办理组织机构代码证。
4. 国家、地方税务局申领税务登记证。
5. 办理银行开户和账号。
6. 当地农经主管部门备案。
请注意，具体流程可能因地区和政策差异而有所不同，建议咨询当地相关部门获取详细指导。
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第一:预约登记合作社名称,到所在地行政大厅工商局窗口,须带5个人的居民身份证原件；
第二:办理防疫合格证,去所在行政大厅畜牧局窗口；
第三:准备合作社资料,包括合作社章程,内有5人出资明细及5人亲自签字、房屋产权证明、经营场所证明、5人身份证证明,必须有本村村委会盖章；
第四:土地证明,去当地土管所办理,
第五:环境评定证明,去环保局办理
第六:5人户籍证明,去当地派出所；
第七:去当地工商所,呈递以上资料,等待审批。
从所有的资料呈报上去,到批下来,65天,全部缴费一共2600元。 各地情况可能不同，以上申办步骤仅供参考。